De azuurblauwe kustlijn, ondiepe baaien en weelderige stranden van Bonaire herbergen een buitengewoon mooie onderwaterwereld. Rondom Bonaire ligt 300 km aan koraalrif met een rijke biodiversiteit die bijna nergens anders te vinden is. Kleurrijk Koraal en exotische vissen zorgen voor een bonte kleurenpracht. Ook boven water is er een grote diversiteit aan flora en fauna. De mangroven en zeegrasvelden zijn daarnaast rijk aan vogelsoorten, namelijk 210 vogelsoorten waarvan 55 soorten broedvogels.
Om deze pracht en praal te beschermen, heeft het gehele zeegebied rondom Bonaire de status van Nationaal Park gekregen, namelijk Bonaire Nationaal Marine Park. Het Bonaire Nationaal Marine Park is het eerste onderwaterpark ter wereld met een omvang van 2600 hectare. De grens ervan begint vanaf de waterlijn tot en met 60 meter diepte. De mangroven en zeegrasvelden van Lac Bay en het eilandje “Klein Bonaire” zijn onderdeel van het onderwaterpark.
Net als Aruba en Curaçao is Bonaire ongeveer zo'n 100 miljoen jaar geleden onder zee ontstaan. 60 miljoen geleden, door een botsing tussen het Caribische Plateau en de platen Faralla en Altalia, werd een enorme landmassa boven het wateroppervlakte uit getild. Het land werd vervolgens door wind en regenwater door de jaren heen gevormd tot het huidige landschap van Bonaire.
Doordat Bonaire geen kilometerslange zandstranden heeft, is er langs de kust door de jaren heen een mooi en groot koraalrif gevormd. De koraalriffen van Bonaire beginnen vanaf de kustlijn en strekken tot meer dan driehonderd meter uit de kust van het eiland. Bonaire is het enige eiland in de Caribische archipel waar je nog kunt zien hoe het koraal er 30 jaar geleden uitzag. Dit koraalrif biedt een uitstekende leefomgeving voor veel tropische vissen en andere zee bewoners.
De mangroven en zeegrasvelden van Lac Bay en het eilandje “Klein Bonaire” behoren tot het onderwaterpark en zijn rijk aan vogelsoorten. Naast de 55 soorten broedvogels zijn er vooral trekvogels en wintergasten uit Noord Amerika en andere delen van het Caribische gebied. Enkele karakteristieke vogels van Bonaire zijn: geelschouderamazone (Amazona barbadensis barbadensis), Caribische koet (Fulica caribaea), Caribische flamingo (Phoenicopterus ruber), roodhalsduif, witstaartbuizerd (Geranoaetus albicaudatus) en naaktoogduif.
Koraal behoort tot de holtedieren en bezit een dode kern met uitstulpingen die levende koraalsteen afzetten. Koraal is een mutualistische, symbiotische samenwerking tussen duizenden koraaldiertjes (koraalpoliepen) en miljoenen algjes (zoöxanthellen) die samen een kolonie vormen.
In 1999 kreeg de kustlijn van Bonaire de status van Nationaal Park. Hierdoor zijn de kustlijnen met de koraalriffen, "Klein Bonaire" en Lac Bay wettelijk beschermd natuurgebied. Het beheer is in handen van STINAPA (Stichting Nationale Parken Bonaire).
De koraalriffen worden ernstig bedreigd door onder andere de opwarming van de oceanen, met als gevolg het zogenaamde bleaching, oftewel het verbleken van koraal wat weer leidt tot het afsterven van koraal.Verder is de impact van de mens ook groot. Overbevissing, verontreiniging en beschadigingen door boten en duikers zijn voorbeelden.
Het Bonaire Nationaal Marine Park is een van de weinige natuurgebieden die volledig op eigen inkomsten (zonder subsidies) draait. Door de vele toeristen en watersporters een kleine vergoeding te vragen worden er inkomsten gegenereerd om de natuurbescherming te financieren.