Het Waterloopbos is afgelopen 50 jaar gebruikt bij het verrichten van onderzoeken op het gebied van waterhuishouding door het onderzoeksinstituut Waterloopkundig Laboratorium. Na de opkomst van de computer is het gebied overbodig geworden en wordt nu voor recreatieve en natuurverrijkende doeleinden gebruikt. Door de vrije hand van de natuur is de achtergelaten schaalmodellen en de bomen in het gebied tot een geheimzinnig bos gegroeid.
Het Waterloopbos is samen met Voorsterbos aangeplant in 1947 op het droog gekomen Noordoostpolder. Sinds 1952 is het gebied onderhanden van Waterloopkundig Laboratorium gebruikt voor verrichten onderzoeken ten behoeve van nieuwe projecten. Bij elk project werden er in het bos proefopstellingen op schaal gemaakt. Zo zijn de Deltawerken berekend en ontworpen en de havens van Largo en Vlissingen.
Het benodigde water werd verzameld door middel van kanalen vanuit het nabij gelegen randmeer. Als de proefopstelling op schaal klaar was dan werd er door middel van dammen, stuwen en overlaten een simulatie uitgevoerd van de werkelijkheid. Na de afronding van de simulatie werden de schaalmodellen achtergelaten en natuur nam over.
Het Waterloopbos is in samenspel met de natuur en de mens gevormd. De sporen van proefopstellingen werden versierd met allerlei soorten planten. Op de oude voorraad griend en zand groeiden planten en zo begon de natuur meer en meer overhand gekregen.
De beheerder Natuurmonumenten helpt de natuur een handje door de symmetrisch geplante bomen aan te pakken en de omgevallen bomen worden niet opgeruimd. Er zijn poelen aangelegd om kikkers en kapsalamanders aan te trekken.