Het Naardermeer, plassen met riet, hooiland en moerasbos, werd als eerste gebied door Vereniging Natuurmonumenten aangekocht. De rustige plassen midden in de Randstad vormen een belangrijke schakel in de keten van moerasgebieden in ons land. Het biedt plaats aan vele moerasplanten en -dieren. Tijdens excursies kunt u per boot genieten van het moeraslandschap van het Naardermeer of een bezoekje brengen aan de aalscholverkolonie en de oude eendenkooi. Er is een wandelpad rond de plassen met diverse observatiepunten.
Het open water in het Naardermeer is op natuurlijke wijze ontstaan. Het water is ondiep, wat is te zien aan het riet en mattenbies in het midden van het meer: deze planten groeien alleen in water dat niet dieper is dan anderhalve meter. Het open water zou geleidelijk veranderen in moerasbos als Natuurmonumenten het riet en de watervegetatie niet regelmatig zou maaien. Ook baggeren houdt het Naardermeer open. Er broeden tweehonderd paar grauwe ganzen in het gebied. In de nazomer, als ze niet kunnen vliegen door het wisselen van hun verenkleed, verblijven met name veel soorten eenden in het Naardermeer. In de winter krijgen ze gezelschap van overwinterende kol- en rietganzen en kan het aantal ganzen oplopen tot enkele duizenden. Ook komen hier veel aalscholvers voor.
Het Naardermeer is het oudste beschermde natuurgebied in Nederland. Toen de gemeente Amsterdam in 1904 het plan lanceerde om het nabijgelegen Naardermeer te gebruiken als stortplaats voor stedelijk afval, kwamen natuurbeschermers in opstand. De actie tegen dit plan was de directe aanleiding om de Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten in Nederland op te richten. Hoewel in het Naardermeer nog steeds zeer zeldzame planten en dieren leven en het gebied zelfs internationale bescherming geniet, zijn de bedreigingen nog niet voorbij. In de afgelopen jaren is het natuurmonument steeds verder ingesloten door bebouwing, verkeerswegen, spoorlijnen en hoogspanningsleidingen.
In contrast met deze bedreiging staan de inspanningen, die ook overheden doen, om de verdroging van het gebied tegen te gaan. De vegetatie in natte natuurgebieden is sterk afhankelijk van het waterpeil en de waterkwaliteit. In samenwerking met overheden zijn maatregelen genomen om de waterhuishouding te verbeteren. Het inlaten van veelal verontreinigd water uit bijvoorbeeld het IJmeer wordt verminderd, en tegelijkertijd wordt de instroom van grondwater uit het Gooi vergroot. De waterkwaliteit is daardoor spectaculair verbeterd de afgelopen jaren, waardoor in het Naardermeer weer bijzondere waterplanten als spits fonteinkruid, groot nimfkruid en verschillende soorten kranswieren groeien.
In de hooi- en weilanden groeit onder meer moeraskartelblad, dotterbloem, koekoeksbloem en pinksterbloem. Ook is het grondwaterpeil, dat eerder ten behoeve van de landbouw was verlaagd, weer verhoogd. Het streven is om de kwaliteit van het Naardermeer zodanig te maken, dat het ook weer een geschikt leefgebied wordt voor visarend en otter.
In het voorjaar is het Naardermeer belangrijk voor broedvogels; in de zomer voor de planten. In de winter zijn er veel ganzen te zien. Vanuit de observatiehutten zijn gedurende het hele jaar veel - vaak bijzondere - vogels te zien.